Dhomat e Shkallës së Dytë  të Gjykatës Komerciale gjykojnë çështjet brenda kompetencës së saj. Vendimet e shkallës së dytë janë të barasvlershme me vendimet e Gjykatës së Apelit. Dhomat e Shkallës së Dytë shqyrtojnë dhe gjykojnë rastet në kolegje të përbëra prej tre (3) gjyqtarëve.

Gjykata Komerciale – Dhomat e Shkallës së Dytë, janë kompetente për të gjykuar, dhe kanë juridiksion ekskluziv për të gjykuar:

–        kontestet ndërmjet shoqërive tregtare vendore dhe të huaja, si dhe kontestet ndërmjet  personave juridikë publikë dhe privat, në lidhje me çështjet e ndërsjella tregtare dhe çështje tjera mes tyre;\të gjitha mjetet juridike, siç përcaktohet me ligjin e aplikueshëm për procedurën përmbarimore, për çështje brenda kompetencës të kësaj gjykate;

–        njohjen dhe lejimin e zbatimit të vendimeve të arbitrazhit vendor dhe ndërkombëtar;

–        kontestet gjyqësore që rrjedhin nga Ligji në fuqi për Shoqëritë Tregtare;

–        riorganizimi, falimentimi dhe shuarja e shoqërive tregtare;

–        kontestet në lidhje me pengimin e posedimit në mes të shoqërive tregtare;

–        kontestet në mes shoqërive tregtare lidhur me të drejtat sendore, siç është e paraparë me Ligjin për Pronësinë dhe të Drejtat Tjera Sendore dhe Ligjin për Shoqëritë Tregtare;

–        kontestet që lidhen me shkeljen e konkurrencës, keqpërdorimit ose monopolit dhe pozitës dominuese në treg, si dhe marrëveshjet monopole duke përfshirë vlerësimin e paligjshmërisë;

–        mbrojtjen e të drejtave të autorit dhe pronësisë industriale, përfshirë markat tregtare, patentat, dizajnët industriale, sekretet tregtare dhe format e tjera të pronësisë industriale, siç parashihet nga legjislacioni përkatës;

–        kontestet ndërmjet kompanive të aviacionit që i nënshtrohen Ligjit për Aviacionin, duke  përjashtuar kontestet në lidhje me të drejtat e pasagjerëve;

–        kontestet administrative të iniciuara nga shoqëritë tregtare kundër vendimeve përfundimtare të Administratës Tatimore, Autoriteteve Doganore, Ministrisë së Financave dhe çdo organi tjetër publik përgjegjës për vendosjen e tatimeve ose detyrimeve të tjera shtetërore;

–        kontestet administrative të iniciuara nga shoqëritë tregtare kundër vendimeve përfundimtare në procedurë administrative;

–        çështje të tjera siç mund të parashikohen me ligj.