Padia mund të iniciohet drejtpërdrejte në Gjykatën Komerciale në Prishtinë, në zyrën e pranimit të parashtresave – sportelin e Gjykatës Komerciale, në objektin A – Pallati i Drejtësisë – Hajvali, ku e njëjta pastaj dhe regjistrohet pasi të merr vulën e pranimit nga zyrtari për pranim të shkresave. Padia po ashtu mundë të dërgohet me postë rekomande. Në qoftë se parashtresa është dërguar me anë të postës me letër rekomande apo në rrugë telegrafike, dita e dorëzimit në postë konsiderohet si ditë e dorëzimit në gjykatë.

Departamenti i Përgjithshëm i Gjykatës Komerciale ka kompetencë për të shqyrtuar:

-Kontestet në lidhje me pengimin e posedimit në mes të shoqërive tregtare;

-Kontestet në mes shoqërive tregtare lidhur me të drejtat sendore, siç është e paraparë me Ligjin për Pronësinë dhe të Drejtat Tjera Sendore dhe Ligjin për Shoqëritë Tregtare;

-Kontestet që lidhen me shkeljen e konkurrencës, keqpërdorimit ose monopolit dhe pozitës dominuese në treg, si dhe marrëveshjet monopole duke përfshirë vlerësimin e paligjshmërisë;

-Kontestet ndërmjet kompanive të aviacionit që i nënshtrohen Ligjit për Aviacionin, duke përjashtuar kontestet në lidhje me të drejtat e pasagjerëve;

-Çështje të tjera siç mund të parashikohen me ligj.

Me pranimin e një parashtrese (Padie) që e fillon një rast në Gjykatën Komerciale, Administratori i Gjykatës menjëherë ia cakton rastin Departamentit përkatës. Cilado palë që nuk pajtohet me caktimin e rastit në Departamentin përkatës mund të kundërshtojë dhe të kërkojë që rasti t’i transferohet një departamenti tjetër, por me kusht që çdo kundërshtim i tillë, nëse kërkohet, të parashtrohet në seancën e parë të thirrur për rastin.

Nëse kërkesa nuk parashtrohet përbrenda afatit të caktuar, kërkesa për transferim të tillë të rastit mund të refuzohet pa mbajtjen e një seance për shqyrtimin e kërkesës.

Palët mund të ankohen ndaj një urdhri që lejon ose refuzon kërkesën për transferim të tillë të rastit në dhomat e shkallës së dytë brenda një afati prej 7 (shtatë) ditësh.

Caktimi i menjëhershëm rastësor i gjyqtarit të çështjes bëhet për çdo lëndë të re. Duke pasur parasysh se ekziston afati i detyrueshëm 15-ditor që gjykata ta njoftojë të paditurin për ekzistimin e padisë (llogaritur nga data e regjistrimit), gjyqtarit pa vonesa i ndahet lënda e re gjatë procesit të regjistrimit të saj.

Gjykata menjëherë pasi t’i arrij padija i fillon përgatitjet për shqyrtim kryesor të çështjes, siç janë ekzaminimin paraprak të padisë, dërgimin e padisë palës së paditur për përgjigje të domosdoshme, mbajtjen e seancës përgatitore dhe caktimin e seancës për shqyrtim kryesor të çështjes. Ky aktivitet përbëhet nga verifikimi se a janë përmbushur prezumimet procedurale, në qoftë se ato mund të konstatohen me vetë leximin e padisë. Kur pas shqyrtimit paraprak të padisë gjyqtari i çështjes vlerëson se padia është e rregullt dhe e plotë, atëherë me aktvendim, padinë së bashku me shkresat e lëndës, do t’ia dërgoj të paditurit për përgjigje në padi. I padituri, pasi t’i dorëzohet padia, me shkresat e bashkëngjitura eventualisht, ka për detyrë, që brenda afatit prej 7 ditësh, të përgjigjet me shkrim në padi.

Gjyqtari e konvokon seancën përgatitore duke ndjekur procedurën e përcaktuar me ligj siç janë: Thirrja e palëve, njoftimin e palës për pasojat e mosardhjes në seancë dhe udhëzimet për palët që t’i parashtrojnë të gjitha informatat dhe provat për shqyrtim në seancë.

Pas seancës përgatitore, gjyqtari duhet të merr aktvendim me të cilin e cakton: ditën dhe orën e mbajtjes së seancës për shqyrtimin kryesor të çështjes, çështjet që do të shqyrtohen në seancën kryesore, provat që do të merren në seancën kryesore dhe personat që do të thirren si dëshmitarë për në seancën kryesore.

Gjyqtari në seancë përgatitore, varësisht nga rezultati i shqyrtimit, do të nxjerrë përfundim se për çfarë do të bisedohet gjatë shqyrtimit kryesor dhe cilat prova do të nxirren në seancën për shqyrtim kryesor.

Për seancë kryesore thirren palët të cilat nuk kanë marrë pjesë në seancën përgatitore, si dhe ekspertet dhe dëshmitarët të cilët duhet të paraqiten në gjykatë sipas aktvendimit për marrjen e provës e të cilët janë parapa në aktvendimin për konvokimin e seancës kryesore.

Shqyrtimi kryesorë është faza qendrore e procedurës kontestimore. Atë e bëjnë veprimet procedurale të gjykatës dhe të palëve, të kryera në një apo më tepër seanca, me qëllim të shoshitjes dhe shqyrtimit të fakteve nga të cilat varet themelësia e kërkesëpadisë.

Gjatë shqyrtimit kryesor në përgjithësi veprimet procedurale të palëve dhe të gjykatës ndërmerren gojarisht (palët gojarisht i paraqesin shpjegimet themelore nga padia dhe nga përgjigja në padi, ato gojarisht i paraqesin provat për provimin e fakteve, gojarisht deklarohen lidhur me rezultatin e provave dhe gojarisht e paraqesin fjalën përfundimtare dhe njëkohësisht edhe gjyqtari i çështjes gojarisht komunikon me palët). Përjashtimisht, kur shqyrtimi kryesor nuk zhvillohet gojarisht bëhet në rastet kur personi i shurdhër apo i verbër, për shkak të këtyre pengesave duhet që pyetjet apo përgjigjet t’i parashtroj në formë të shkruar. Gjatë fazës së shqyrtimit kryesor provat merren drejtpërdrejt para gjykatës përkatësisht para gjyqtarit të çështjes. Përjashtimi nga kjo marrje e drejtpërdrejt e provave bëhet në rastin kur prova është dashur të merret nga gjykata e porositur apo kur është bërë sigurimi i provës para ngritjes së padisë.

Gjykata jep vendime në seancë gjyqësore apo jashtë seance.
Vendimet e gjykatës jepen në formë të aktgjykimit apo të aktvendimit. Dhomat e Shkallës së Parë
Dhomat e Shkallës së Parë shqyrtojnë dhe gjykojnë rastet nga gjyqtari individual.
Dhomat e Shkallës së Parë janë kompetente për të gjykuar në shkallë të parë të gjitha çështjet në juridiksionin e Gjykatës Komerciale. Dhomat e shkallës së dytë Dhomat e shkallës së dytë janë kompetente për të trajtuar:
Të gjitha ankesat ndaj vendimeve të dhomave të shkallës së parë brenda kompetencave të përmendura në paragrafin 1 të këtij neni;

Të gjitha ankesat ndaj një urdhri për transferimin, apo refuzimin për transferim, të një rasti brenda departamenteve të shkallës së parë, që janë parashtruar brenda afatit të caktuar;
Konfliktet e juridiksionit nga dhomat e shkallës së parë, brenda afatit prej tridhjetë (30) ditëve;
Çështjet tjera siç mund të parashikohen me ligj.

Dhomat e shkallës shqyrtojnë dhe gjykojnë rastet në kolegj prej 3 anëtarësh.

Ankesa i paraqitet dhomave të shkallës së dytë në afat ligjor prej 7 ditësh, nga marrja e vendimit, përmes dhomave të shkallës së parë të kësaj gjykate. Në procedurën e vënë në veprim me anë të ankesës kundër aktgjykimit, vepron sikurse dhomat e shkallës së parë e cila e ka dhënë aktgjykimin e goditur, ashtu edhe gjykata e shkallës së dytë, kompetente për vendosjen meritore për ankesën. Ankesa i paraqitet dhomës së shkallës së parë e cila e ka dhënë aktgjykimin ose aktvendimin, në një numër të mjaftueshëm ekzemplarësh për gjykatën dhe palën kundërshtare (neni 185 i LPK-së).

Veprimet që duhet të ndërmarrë gjykata e shkallës së parë në rast të paraqitjes së ankesës jashtë afatit, jo të plotë apo të palejueshme janë të përcaktuara në nenin 186.1 të LPK-së, me të cilën përcaktohet se: “Ankesën e paraqitur jashtë afatit të parashikuar me ligj, apo jo të plotë, apo të palejueshme, gjykata e shkallës së parë e hedhë me aktvendim pa caktuar fare seancë gjyqësore”. 563

Është detyrë e gjykatës së shkallës së parë që në çdo rast kur gjen se ankesa është e pa afatshme, jo e plotë, apo e palejueshme ta hedhë poshtë me aktvendim ndaj të cilit lejohet ankesa pa caktuar fare seancë gjyqësore. Duhet sqaruar se ankesën jo të plotë gjykata e shkallës së parë mund ta hedhë poshtë si jo të plotë, pasi që paraprakisht ta ketë konsumuar procedurën e kthimit të ankesës në plotësin dhe nën supozimin se ankuesi nuk e plotëson ankesën, atëherë ajo duhet të hedhet poshtë. Ankesa është e pa afatshme po që se është paraqitur pas skadimit të afatit ligjor për paraqitjen e saj, (neni 186 paragrfai2, i LPK-së). Sipas dispozitës së nenit 186 paragrafi 3, i LPK-së, përcaktohet se: “Ankesa është e palejueshme nëse e ka paraqitur personi që nuk është i autorizuar për paraqitjen e saj, apo personi që ka hequr dorë nga e drejta e ankimit apo që e ka tërhequr ankesën e paraqitur, apo nëse personi që e ka paraqitur ankesën nuk ka interes juridik për paraqitjen e ankesës”.

Pala ka afat prej tri (3) ditësh për paraqitjen e përgjigjes në ankesë

Lidhur me kërkesat për mjetet e jashtëzakonshme juridike kundër vendimeve përfundimtare të Gjykatës Komerciale të Republikës së Kosovës zbatohen ligjet procedurale në fuqi. Revizioni lejohet në kontestet me kusht që vlera e kontestit të jetë jo më pak se 30.000 (tridhjetëmijë Euro). Përjashtimisht nga paragrafi 1 i nenit 14 të Ligjit për Gjykatën Komerciale, kërkesat për mbrojtje të ligjshmërisë nuk lejohen për kontestet që trajtohen nga Gjykata Komerciale.

Me aktgjykim, Dhomat e Shkallës së Dytë vendosin:
Të refuzojë ankesën si të pathemeltë dhe ta vërtetojë aktgjykimin e goditur;
Të ndryshojë aktgjykimin e shkallës së parë (neni 195);

Me aktvendim, Dhomat e Shkallës së Dytë vendosin:
Të prishë aktgjykimin e goditur dhe të hedhë poshtë padinë;
Të hedhë poshtë ankesën si të vonuar , jo të plotë apo të palejueshme;
Të prishë aktgjykimin e goditur dhe të kthejë çështjen në rigjykim në Dhomat e Shkallës së Parë (neni 195).